1、申請；
2、認證中心核定費用預算并制定初步的檢查計劃；
3、簽訂認證檢查合同；
4、初審；
5、實地檢查評估；
6、編寫檢查報告；
7、綜合審查評估意見；
8、頒證委員會決議；
9、頒發證書；
10、有機食品標志的使用；
11、保持認證。
二、有機認證是指有機農產品認證，是一種國際組織和一些國家廣泛推廣的農產品認證方式。在我國，有機認證也是由國家認證認可監督管理委員會統一管理的認證形式之一。
有機認證的標志外圍呈圓形，形似地球，象征著和諧、安全。標志中間的類似種子的圖形代表生命的萌發之際，寓意有機產品是從種子開始的全過程認證。同時，這也象征著有機產品就像剛剛萌生的種子，在中國大地上茁壯成長。中國有機轉換產品字樣采用中英文結合方式，既表示中國有機產品與世界同行，也有利于國內外消費者的識別。
根據《中國有機產品認證管理辦法》第七條規定，認證機構應依法取得法人資格并經國家市場監督管理總局批準后方可從事有機產品認證活動。認證機構實施認證活動的能力應符合有關產品認證機構國家標準的要求。從事有機產品認證檢查活動的檢查員應經國家認證人員注冊機構注冊后方可從事有機產品認證檢查活動。根據第八條規定，有機產品生產者、加工者（以下統稱認證委托人）可以自愿委托認證機構進行有機產品認證，并提交有機產品認證實施規則中規定的申請材料。認證機構不得受理不符合國家規定的有機產品生產產地環境要求以及有機產品認證目錄外產品的認證委托人的認證委托。根據第九條規定，認證機構應在收到認證委托人申請材料之日起10日內完成材料審核，并作出是否受理的決定。對于不予受理的，應當書面通知認證委托人并說明理由。認證機構應在對認證委托人實施現場檢查前5日內，將認證委托人、認證檢查方案等基本信息報送至國家市場監督管理總局確定的信息系統。根據第十條規定，認證機構受理認證委托后，應按照有機產品認證實施規則的規定，由認證檢查員對有機產品生產、加工場所進行現場檢查，并應委托具有法定資質的檢驗檢測機構對申請認證的產品進行檢驗檢測。如有需要進行產地（基地）環境監（檢）測的，由具有法定資質的監（檢）測機構出具監（檢）測報告，或采信認證委托人提供的其他合法有效的環境監（檢）測結論。
