倉頂除塵器的濾塵是通過濾芯進行的，濾濾芯材料玻纖，當含塵空氣通過時，即可有效的使用固相與氣相分離開來，玻纖的濾芯是一種多孔性的濾塵材料，當氣流通過時，由于震動作用、使氣流中的微粒吸附在濾芯上或沉降下來，凈化后的空氣即可排出，為了清除附著和沉入濾芯的灰塵，在每班通風機停止運行時（每隔約2-4小時）順序振動除塵器，每次振動5下左右。